A partir de ayer puedes crear ecuaciones en Moodle a través de los TAGS <math>... No hay aún una interfaz amigable por lo que tendrás que lidiar con el código directamente.. Pero la posibilidad existe y es esa.
Por cierto... Sólo para IE.
Lo del editor de ecuaciones, creo que definitivamente la respuesta es no.. Sin embargo, siempre podrás incluir un documento de word con la ecuación en él y revisarlo directamente desde Moodle... Pero estoy seguro que esa opción ya la conocías...
Saludos,
Will