とりあえず問題は回避できたようですね．
しかし根本的な不安が残りますね．日本語を含むファイル名のファイルをフォーラム投稿に添付したり，学生が課題に対してアップロードするファイル名が日本語を含んでいても問題は生じないのですよね．
だとするとzipファイルの圧縮と展開時のみ発生する問題の可能性がありますね．TEMPフォルダー上でファイル操作を行う際には，やはり依然としてWindowsのファイルシステムを利用してしまうのでしょう．ここでUFT-8のファイル名をシフトJISと誤解したまま処理を行ってしまう，Moodle1.9以前の問題が発現してしまう，と．まだ fs_moodleの存在価値があるようですね…．時間があれば試すのですが．