Hola Máximo,
No creo que el problema esté en Moodle sino más bien en la forma como funcionan actualmente los navegadores y, en especial Chrome, ya que son ellos los que están promoviendo a nivel global el uso del protocolo 'https' en lugar del 'http'.
Por tanto, si tu plataforma utiliza 'https' y quieres llamar recursos o contenido mediante 'http' ocurrirá lo que comentas.
Para solucionarlo, deberás incluir únicamente contenido proveniente de sitios que utilicen el protocolo 'https'.
Hay muchos recursos que se proveen de las dos formas, por lo que no sería extraño que el recurso, según el ejemplo que has indicado, 'http://get.adobe.com/flashplayer' también esté disponible en 'https://get.adobe.com/flashplayer'.
Un saludo.
JP