Como complemento a la respuesta que te ha dado Jose Luis que es la mejor manera de realizar lo que quieres, el backup lopuedes realizr con un script en el servidor y ejecutando el script que contiene la capeta /admin/cli. Dicha carpeta contiene pequeños scripts de PHP que se pueden ejecutar sol desde consola y por tanto son ideales para tareas automatizadas. backup.php te permite añadir la Id del curso a copiar y lo puedes hace fuera de horario a través de cron.
Para ver la ayuda ejecutalo sin añadir parametros.