ご丁寧な回答ありがとうございました。
また、今回のSyntax Highlighterフィルタの動作確認までして頂き、誠にありがとうございました。
ご提示頂きましたツールバーのCSS変更もこちらで動作ができること確認させて頂きました。ありがとうございます。
アプリ版のDOM構造を確認していけば、頑張れば実装できそうな気がしてきました。
ご提示頂きました
https://docs.moodle.org/dev/Moodle_Mobile_Themes#Updating_your_theme_in_the_app
を詳しくみてみたいと思います。