А вам недостаточно того, что grunt минифициовал js, а css минифицирует сам moodle? Отключите режим дизайнера темы, загрузите любую страницу при включенной панели F12 - Network, и посмотрите на файл all (генерируется styles.php). Он должен быть минифицированным и содержать в том числе все ваши стили. Или у вас при этом ещё какие-то css подгружаются, которые не минифицированы?