Hola, Edgar.
No estoy seguro de si te refieres a "identificación (autenticación)" o a "matriculación", pero en cualquier caso, te sugiero una forma alternativa de hacerlo ... es la que usamos en mi institución, por eso te lo digo .
En la B.D. externa (MS SQL Server en nuestro caso) tenemos definida una vista ("view") sobre las tablas donde están los datos de alumnos, de forma que en esa vista solamente se incluyen aquellas personas que tienen actualmente alguna matriculación activa. De esa forma, cuando a una persona se le desmatricula por algún motivo de su curso o cursos en esa B.D. externa, desaparece de la vista y con ello deja de tener acceso a Moodle.
Saludos.