Hola Javier...
dudo mucho que sea algo de configuración, eso suena a la manera como está hecho el SCORM. Cuando uno hace el SCORM tiene que garantizar que se reporte lo adecuado a través del API y según lo que dices lo tienes reportando mediante SCO independiente. Yo creería que cuando hicieron el SCORM no lo pusieron a confirmar el SCO terminado hasta que no estuviera al 100% en el punto que te genera el problema.
De todas maneras son especulaciones, si quieres que podamos ayudarte mejor intenta publicar el SCORM o uno sencillo que tenga el mismo problema para poder probar. Además, una captura de pantalla también podría ayudar a reconocer lo que puede estar pasando.
Quedo atento
Saludos