Ahoj Barčo,
pokusím se Ti odpovědět v bodech.
1) Odpověď na tvoji přímou otázku - v Moodle NELZE nastavit párování při uploadu uživatelů z CSV podle jiného pole, než je username.
Důvodem je to, že pole UserID (idnumber), které se k tomu nabízí, není v Moodle povinné. Teoreticky by mohl Moodle porovnávat podle emailu, ale ten zase chceme často měnit.
2) Pokud potřebuješ používat interní systém uploadu a aktualizace uživatelů z CSV, tak se nabízí jedna možnost - allow renames - v českém překladu Povolit přejmenování. To funguje tak, že v CSV souboru musí být ještě sloupec oldusername. Potom, když máš zvoleno Allow renames na Yes, tak Moodle porovnává uživatele podle oldusername a aktualizuje jej na hodnotu ve sloupci username.
Je to trošku nepohodlné - musíš držet historii od posledního uploadu - ale jde to!
Doku: https://docs.moodle.org/31/en/Upload_users#Allow_renames
3) Alternativně mohu nabídnout naše služby - pro naše klienty běžně děláme automatickou synchronizaci uživatelů včetně párování podle libovolného podle (nejčastěji právě podle pole idnumber). Vstupní data mohou být v jakékoliv podobě (CSV soubory, DATABÁZE, webová služba, ...).
PS: Moodle 3.1 již není příliš "nový" (přesněji je již 2 roky starý), doporučil bych upgrade na nový Moodle 3.5.
Snad Ti moje odpověď pomohla.
Honza