En pequeñas academias, crear un moodle para cada curso puede ser una solución pero desde luego no es la mejor. Ocupa espacio y necesita mantenimiento, asi que a medio y largo plazo puede ser un problema grave incluso para el sitio que este en producción.
Lo que se hace en sitios grandes, como universidades, es guardar el curso y generar uno nuevo sin datos de usuarios.
Si ademas utilizas Adaptable y asignas el nombre del curso siguiendo un patrón, puedes conseguir que el alumno acceda a todos los cursos en los que está matriculado y además en orden del año o código de curso por ejemplo.
De esta forma mantienes un solo sitio moodle y el alumno tiene disponibles los cursos en su panel de control.