Hola, Tomás.
¿La carpeta .../moodledata/repository la has creado tú por FTP o se ha creado al activar el repositorio "Sistema de archivos"?
Me refiero a esto:
"Administración del sitio > Extensiones > Repositorios > Gestionar repositorios"
Ahí debes ver que "Sistema de archivos" esté Activado y visible.
En ese caso, a su derecha deberías ver la opción de "Configuración". Haces clic en ese enlace de Configuración y te llevará a una pantalla que dice ... Instancias de repositorios del sitio ... pulsa el botón que hay debajo para "Crear una instancia de repositorio".
¿Qué ocurre entonces? ¿No te sale una pantalla para que escribas un "Nombre" y debajo un desplegable con la "nuevacarpeta" que hayas creado dentro de .../moodledata/repository?
Saludos.