Ciao Filippo,
scusa ma mi ero perso la tua domanda, sto pensando a qualcosa come: https://docs.moodle.org/35/en/Installing_Moodle#Download_and_copy_files_into_place (Secure the Moodle files per wwwroot) e https://docs.moodle.org/35/en/Installing_Moodle#Create_the_.28moodledata.29_data_directory per la dataroot, dove -R gioca il ruolo della ricorsione a "giochi fatti" cioè per applicare/forzare i permessi a sistema tirato su.

Attenzione anche al cron: se lo fai girare da linea di comando devi farlo girare impersonando l'utente che la tua istanza Moodle usa nel webserver (tipicamente www-data, in una installazione di default); altrimenti, troverai molti file "toccati" dalle schedulazioni di Moodle con i permessi modificati e questo tipicamente romperà alcune funzionalità ad esempio relative alla gestione di file nello storage pool di Moodle.

HTH,
Matteo