В категории для глобальных групп (назовём её лучше категорией для студентов) создаёте категории для подразделений, например, Подразделение А. В них создаете курсы с названиями "Подразделение А Специалисты 1", "Подразделение А Специалисты 2", "Подразделение А Специалисты 3". Внутри каждого курса создаёте по 1 группе с названием "Подразделение А". На категорию Подразделение А даете права менеджера руководителю подразделения и учите, чтобы записывал не просто на курс, а именно в группу.
В категории для курсов (в категории для учебных материалов) создаете курсы для специальностей (всё как у вас). К специальности 1 подключаете через метакурсы "Подразделение А Специалисты 1", "Подразделение Б Специалисты 1", "Подразделение С Специалисты 1". Если у вас при этом будет установлен плагин local_metagroups, то студенты окажутся в группах с названиями "Подразделение А", "Подразделение Б" и т.д. Подключение метакурсов должен делать человек с правами на всю систему (администратор), чтобы ему были видны курсы и для учебных материалов, и для студентов. Если такой вариант не подходит, то нужно будет создать специальную роль с правом видеть курсы при создании метасвязи. Затем всем преподавателям из курсов с учебными материалами назначить эту роль в контексте категории для студентов.
Как альтернатива - расписать соответствие студентов и специальностей во внешнем источнике (база данных, ldap) и настроить синхронизацию. Либо готовить в excel файлы со списком пользователей и регулярно загружать их, при этом пользователи будут попадать в указанные в файле курсы и группы, поэтому можно будет не делать структуру для студентов.