Hola Aracely,
Moodle se instala en un espacio en disco de una máquina que hace de servidor web. Independientemente, desde Cpanel se 'apunta' el subdominio (o dominio) a ese espacio en disco. De esta forma, Moodle es accesible, mediante dicho subdominio, desde la Internet.
La respuesta corta es: Sí. es perfectamente posible.
Saludos
JP