Hola Diego,
la consulta que muestras es incorrecta, ya que esa consulta cambiará el tipo de autenticación Y EL NOMBRE DE USUARIO a todos los usuarios que actualmente tengan LDAP como método de autenticación. El resultado neto sería que todos esos usuarios acabarían con el mismo nombre de usuario (lo cual no es nada bueno )
La consulta sería más bien esta:
UPDATE mdl_user SET auth = 'manual' WHERE auth = 'ldap' AND username = 'NameUser';
Saludos.
Iñaki.