Digamos que en la de PHP o en la de Moodle.
El problema, muy probablemente, es que la línea de comunicaciones externa no es muy rápida (o la de los alumnos) y expira el tiempo de ejecución de la página de moodle que sirve el archivo antes de que este se haya enviado completamente.
Por defecto (si no has tocado nada), PHP tiene un límite de 30 segundos para ejecutar las páginas. Si en esos 30 segundos no han terminado, el propio PHP aborta su ejecución.
Para ver si es eso, puedes añadir temporalmente esta línea en tu fichero config.php:
ini_set ('max_execution_time', 300);
que hará que las páginas de PHP puedan tardar hasta 300 segundos (5 minutos).
Hoy mismo en uno de los foros en inglés he visto que se hablaba de este tema de los 'timeouts', así que igual en futuras versiones de moodle ya viene resuelto.
Saludos. Iñaki.