Gracias Juan Pablo, pero instalo Moodle en un subdirectorio dentro del public_html o creo un subdominio para Moodle fuera del public_html para que las directrices del .htaccess del Wordpress no afecte al comportamiento del Moodle. Lamentablemente instalar Wordpress no depende de mi, solo me tocó instalar Moodle luego que habían instalado Wordpress en la raiz.
Abrazos.