Moodle 2.9.2 нужно сначала обновить до 3.1, а потом уже с 3.1 обновляться до 3.6 (https://docs.moodle.org/36/en/Upgrading#Check_the_requirements)
Поэтому на новый LinuxUbuntu16.04 я бы перенес сайт, как есть - Moodle 2.9.2. Обновляете до 3.1, потом обновляете РНР, MySQL (при желании) или вообще переходите на mariadb и обновляете Moodle до 3.6.
ЗЫ: почему Ubuntu и зачем устанавливать по новой, а не просто обновить?