Posso solo dirti che ho provato sulla mia istanza di test (3.1.11 LTS) ed è indifferente che ci sia o meno il testo online: il pdf allegato viene sempre visualizzato ed è commentabile. Io proverei a vedere:
tramite la webconsole se ci sono errori nel browser di javascript
attivando il livello di debug "developer" di moodle, verificare se ci sono errori di moodle.