Hola, Juan Ignacio.
Pues sí, con ocultar un curso o la categoría a la que pertenece sería suficiente para que no lo vieran las personas cuyo rol no lo permite. Como te decía, es lo que ocurre con la definición estándar de rol "estudiante" (a diferencia del rol "teacher" estándar, que sí lo tiene habilitado). Por cierto, que el rol "Gestor" no es el rol de administrador, sino uno más restringido que solo permite algunas funciones generales, pero no todas las de un "administrador".
Para descartar que el problema siga estando en los roles generales, te sugiero que accedas a "Administración del sitio > Usuarios > Permisos > Informe de permisos" y ahí selecciones:
- En el bloque superior, únicamente seleccionas el permiso "moodle/course:viewhiddencourses: Ver cursos ocultos".
- En el bloque inferior, seleccionas "Todos".
Y pulsas el botón para "Obtener el informe", a ver para qué roles está puesto como "Permitir" y en qué contextos.
Saludos.