Buenas
Si vas a trabajar con Netbeans como IDE
1. Descargate la opción HTML5 & PHP
2. Bájate tu código Moodle para desarrollar
3. Desde Netbeans, Project New Project PHP y ahí le indicas la ruta donde tienes descargado Moodle.
Ponle un nombre al proyecto y ya podrás empezar a trabajar
Saludos!!