Τότε που είχα το πρόβλημα εκείνο που έδειχνε να φταίει ήταν οτι είχα χαλασμένη εγκατάσταση.
Καλό είναι να βάλω εδώ την "απλή" λύση.
έλειπε κάποιο απο τα αρχεία του apache που ήταν σε μορφή plugin και υπεύθηνα για τα Order allow,deny .Το πρόβλημα δημιουργήθηκε απο το apt-get upgrade που είχα κάνει νωρίτερα.
Λύθηκε σχετικά σύντομα με απεγκατάσταση και επανεγκατάσταση του apache.
Ευχαριστώ!