Александр описал решение для случая, если у вас весь сайт - "секретный".
Если же секретными являются только отдельные элементы в отдельных курсах, то можно, например, добавить в такой курс тест с единственным вопросом: "Клянетесь ли вы хранить тайну?". Только тому, кто даст на него правильный ответ "Да", вы откроете доступ к секретным элементам курса, используя присутствующие в Moodle средства условного доступа. Список допущенных к секретной информации сохранится в этом тесте