Hola, David.
Respecto a la primera parte de tu explicación, supongo que al acceder a los foros tendrás definida la configuración "Mostrar respuestas anidadas", pero si eliges "Mostrar respuestas por rama" verás que las respuestas aparecen "plegadas" y solo se marcan como leídas cuando "despliegas" cada una de ellas.
Ten en cuenta que si cambias esa forma de ver los hilos de mensajes, la configuración elegida forma parte de tu "perfil de usuario", por lo que se mantiene igual para cualquier foro al que accedas después, incluso en sesiones posteriores.
Ahora bien, me temo que no entiendo bien a qué te refieres un poco más adelante en tu explicación, cuando dices "Poniendo manual el marcaje de rastreo". La verdad es que no sé si es una opción de la versión 3.3 de Moodle que yo desconozco (trabajo habitualmente con la 3.1), o que estás mezclando conceptos y te refieres al "Rastreo de finalización" (Finalización de actividades), que tiene que ver con los ajustes del foro y no con las preferencias de usuario.
Saludos.
