Hola Miguel,
No entiendo bien tu pregunta.
En una instancia de Moodle, esto es, en una instalación de Moodle, una plataforma, puedes crear categorías y cursos.
En un momento dado, a cada categoría puedes ponerle un Theme diferente. Pero para dar servicio a entidades diferentes, yo instalaría VARIAS INSTANCIAS de Moodle.
Es decir, pondría un Moodle para cada entidad y todas dentro del mismo servidor. Esto sí se puede hacer.
Hay varias formas de hacerlo, pero quizá, y desde mi punto de vista, la forma más fácil de administrar el sistema sería creando servidores virtuales. Para eso se puede utilizar Virtualmin (existe una versión libre que funciona perfectamente).
A cada servidor virtual le asociaría un dominio o subdominio para uso de cada una de las entidades.
Dentro de cada servidor virtual, instalaría su Moodle independiente.
Saludos.
JP