Спасибо за советы и помощь!
Сайт рабочий... Радует, что только эта ошибка и в целом работать можно. Резервные копии курсов есть, можно все восстановить. Боюсь, что проблема из-за установки Moodle через услуги хостера, поэтому и обновление кривое...