Hola, Andrés.
Lo primero que tendrías que concretar es qué significa para vosotros "que moodle esté integrado a su sistema académico".
En mi institución (Escuela Andaluza de Salud Pública), el sistema de gestión académica también está desarrollado en .net con SQL Server (no recuerdo la versión) y tenemos configurado nuestro Campus Virtual Moodle para que lea de allí, pero que no escriba nada en esa base de datos. Lo que nos soluciona es:
- La identificación de alumnos: el usuario y contraseña se guardan en el sistema académico. En Moodle hemos activado y configurado el plugin de autenticación "por base de datos externa" y nunca hacemos altas manuales de alumnos ni se guardan sus contraseñas en Moodle.
- La matriculación/desmatriculación en cursos: en el sistema académico se asignan a cada curso las personas que deben tener acceso (alumnos "activos", docentes, tutores, etc.). En Moodle tenemos configurado el plugin de matriculación "por base de datos externa" y de esa forma, cuando una de esas personas accede a Moodle, se verifican los cursos a que puede tener acceso y con qué rol en cada uno. Además de en el momento de acceder cada usuario, varias veces al día se lanza de forma automática un proceso de sincronización de matriculaciones (https://docs.moodle.org/32/en/External_database_enrolment#Synchronization_script)
Como ves, para esa "integración" no hemos tenido que desarrollar nada en Moodle. Tan solo preparar las tablas adecuadas en SQL Server para que Moodle lea allí la información necesaria. Si queréis que vuestra integración llegue más lejos, explica los detalles de lo que queréis conseguir.
NOTA: No es buena idea enviar la misma cuestión a diversos foros.
Saludos.