Hola, Ignacio.
La forma habitual de hacer eso es mediante archivos de texto plano (CSV), tal como se menciona en los mensajes anteriores de este hilo.
Una posibilidad sería la de "Subir usuarios" (eligiendo la opción de solo actualizar usuarios existentes) para matricularlos en el curso que deseas (https://docs.moodle.org/all/es/Subir_usuarios#Campos_para_inscripci.C3.B3n_.28matriculaci.C3.B3n.29).
A partir de la versión 3.0, también existe la posibilidad de activar la extensión de matriculación por Archivo plano (CSV), tal y como se explica en la documentación: https://docs.moodle.org/all/es/Archivo_plano
Saludos.