Hola de nuevo Alejandra,
el script lo tienes que ubicar en la raíz de la instalación de Moodle (en el mismo directorio donde esté el fichero config.php).
Luego sólo tienes que definir tu estructura de categorías usando al estructura de datos mostrada en el script. Básicamente se trata de una estructura de arrays anidados. He adaptado el script para tratar de representar la estructura que sugerías en tu imagen. Obviamente no he puesto las 50 subcategorías de cada categoría A y B (ni las 6 sub-subcategorías de cada una de esas 50), pero si he puesto algunas de cada nivel, para indicar como sería la estructura. Adjunto la nueva versión del script con los cambios (y algunos comentarios adicionales).
No hace falta saber/indicar el 'id' de las categorías ni de sus categorías padre. El único caso en el que sí se necesita indicar el 'id' de la categoría 'parent' es el caso de la categoría "Padre" de todas ellas. Al estar colgada de la raíz de categorías necesitará indicar como categoría 'parent' el valor 0 (cero). En los demás casos (categorías hijo, nieto y bisnieto), el script (junto con Moodle) calculan todos los 'id' necesarios.
Saludos. Iñaki.