Olá Fábio,
Estou interpretando que para o Moodle cada disciplina foi configurada como um curso, certo?
Estou deduzindo que o aluno não precisa fazer a atividade 3x, ou seja, enviar um arquivo por disciplina. Logo, desconheço uma atividade cujo a nota recebida em um curso seja replicada em outro.
Minha sugestão é configurar as três disciplinas em um único curso no Moodle e assim configurar a atividade nele. Você teria uma nota Global com a somatória das 3 disciplinas, no livro de notas você pode configurar categorias de notas para cada disciplina. Visualmente, você poderia utilizar o formato de curso em Abas com o plugin One Topic, onde cada aba seria uma disciplina e a atividade comum ficaria acima das abas, por exemplo.
Outra possibilidade é deixar a atividade em apenas um dos cursos, definir uma "competência" para ela e nos demais cursos configurar como restrição de conclusão a aquisição da "competência".
Ter a atividade nas três disciplinas/cursos para o aluno enviar o mesmo arquivo também não me parece uma solução interessante.
Você pode fatiar as disciplinas em módulos/cursos, o aluno cumpre o primeiro módulo de cada disciplina, segue para a atividade/curso intermediário e depois de finaliza-lo vai para o módulo seguinte de cada disciplina/curso. ( 3 cursos, primeiro módulo > 1 curso intermediário > 3 cursos, último módulo)
Enfim, esse é um trabalho em conjunto com o Design Instrucional da sua instituição para adaptar o plano de ensino as possibilidades que o Moodle oferece.