Hola, Henry.
Revisa si la carpeta moodledata (o el nombre que le hayas dado) la has copiado por SFTP o FTP al hosting con el modo de transferencia activado en binario.
El programa Filezilla tiene una opción para cambiar de automático a binario. Si no lo has hecho así no se mostrarán los archivos de esa carpeta.
Un saludo.
Comentado también aquí: https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=351065&parent=1417047
en http://chaosrequiem.com/main/problema-comun-al-subir-archivos-con-filezilla/ tienes una captura para activar el modo binario.