La forma más segura y sencilla que se me ocurre es mediante copias de seguridad individuales de cada curso de los Moodle 2 y 3 (los que menos "cargados" estén) y restaurarlas en el Moodle 1 (el que ya tuvieras con más cursos, alumnos, etc.).
Si el número de cursos que has de mover es relativamente pequeño, podrás hacerlo de forma manual, pero en caso contrario, podrías usar el sistema de copias de seguridad programadas (especificando un directorio específico para tenerlas agrupadas) en para obtener los archivos "backup", y después usar la funcionalidad de "Subir cursos" para restaurarlas de forma automática.
Después vendría lo de cambiar de MySQL a Postgresql, que es un tema completamente diferente.
Saludos.