Странно. А Atto какая версия?
2017051500
Да, имхо, версия Atto тут играет последнюю роль. Нужно анализировать кучу факторов: версия Word, форматирование документа, настройки вставки/копирования Word, используемый браузер, настройки фильтров в Мудл и т. д., и т. п.
ЗЫ: если б я видел хоть один правильно форматированный документ Word, уже бы давно заставил всех использовать вот это - Microsoft Word File Import (Atto)