Hay una opción que indica actualizar únicamente lo que cambie, marcando esta te debe crear los grupos y no tocar para nada la matriculación de los alumnos.
Eso lo hacemos nosotros muchas veces a lo largo del curso y nunca hemos tenido ningún problema
El fichero que cargamos tiene este formatousername;password;firstname;lastname;email;maildisplay;course1;type1;group1
aaaa;bbbbb;nombre;apellido;xxxxxx@esrp.net;1;asignatura;1;grupo
