Olá Fábio, tudo bem!
Também estou utilizando a versão 3.3 do Moodle e nessa semana quando fui configurar o quadro de notas de uma disciplina verifiquei isso.
Bem, tudo isso que você relatou ocorreu comigo... a solução para que atividade no livro de notas desaparecesse e a mensagem "remoção em progresso", foi executar o cron.
Neste caso fui em Administração do site, Segurança e Políticas do site.
Procure por Execução do Cron somente pela linha de comando, desmarque a opção e clique no botão Salvar Mudanças.
Abra o navegador, passe o endereço do seu Moodle com mais cron.php. Exemplo: 122.45.44.8/moodle/admin/cron.php
Depois, volte na Políticas do site e marque novamente a opção Execução do Cron somente pela linha de comando.
Bem, se você for no quadro de notas a atividade sumiu e não tem mais a mensagem "remoção em progresso".
Não sei o porque isso está acontecendo nesta versão do Moodle, mas conseguir sanar o problema dessa forma.
Espero ter ajudado!!