Si es un servidor nuevo deberias instalar las ultimas versiones tanto de servicios como de scripts.
Si estas instalando sobre Debian 9, debes actualizar los repositorios ya que ni PHP 7.0 ni MySQL 5.5 estan actualizados. Ni tampoco moodle 3.1 (estamos a punto de 3.4)
Por lo que veo el documento era correcto cuando se creó para la versión 3.1 de moodle pero ahora está obsoleto.
Intenta seguir los pasos de la versión en inglés para moodle 3.3:
https://docs.moodle.org/33/en/Step-by-step_Installation_Guide_for_Ubuntu
De todas formas, cambia la version de PHP por la 7.1