Avevo lo stesso problema, ma alla fine ho risolto creando un'istallazione moodle per ogni hanno scolastico. Clono la piattaforma dell'anno precedente e cancello quello che non serve per l'anno in corso, aggiungendo le nuove classi e tutto il resto.
In questo modo non appesantisco il database e il moodledata.
Non sono un esperto moodle ma mi è sembrata una buona strada.