Moodleプログラム本体とmoodledataディレクトリはコピーするだけで大丈夫だと思いますが、MySQLデータベースからSQL Serverへの移行が難しそうですね。
もし可能でしたら、Microsoft SQL Server Migration Assistant v6.0 for MySQLをお試しになってはいかがでしょうか。
参考資料:
[importing MySQL dump to SQL Server 2012 - Database Administrators - Stack Exchange]
https://dba.stackexchange.com/questions/39462/importing-mysql-dump-to-sql-server-2012
[Download Microsoft SQL Server Migration Assistant v6.0 for MySQL from Official Microsoft Download Center]
https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=43688&751be11f-ede8-5a0c-058c-2ee190a24fa6
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