Hola, Francisco.
¿Solamente tú tienes permisos de edición para subir archivos a tu plataforma? ¿Está descartado que alguien haya subido muchos y/o grandes documentos, vídeos, etc. en estos días?
Se me ocurre que una posible explicación a que el espacio ocupado aumente sin subir nuevos archivos, podría ser la configuración de las copias de seguridad automáticas. ¿Tiene "Activado" esa función en Administración del sitio > Cursos > Copias de seguridad > Copia de seguridad programada?
Si es así, ¿qué tienes puesto en los apartados "Número máximo de copias ..." y en "Borrar las copias de seguridad más antiguas..."?
Por otra parte ... ¿solo aumenta el espacio ocupado en la carpeta moodledata/filedir? ¿No hay problema con las otras subcarpetas (temp,muc,cache, etc.)?
Saludos.