Gracias por la respuesta, ya lo hemos resuelto!
Lo que nos ha pasado es que hemos estado redireccionando la página principal para que se cargue la versión https, y al no hacerlo con el subdominio donde estaba moodle, no se cargaban los estilos.
Una tontería, pero a lo mejor le sirve a alguien! a nosotros nos ha llevado de cabeza media mañana.
un saludo a todos!