С 2010 г. существует запись в трекере о том, что Moodle нужна возможность открывать доступ к курсу №2 в зависимости от завершения курса №1. Проголосуйте за нее. Возможно это приблизит момент, когда этот функционал появится в ядре Moodle.
А пока могу предложить установить плагин, добавляющий к имеющимся еще один тип условий доступа - завершение другого курса. Правда это условие придется прописать не один раз для всего курса №2, а для каждой его секции в отдельности.
