Для синхронизации всех пользователей кроном нужно или настроить на крон запуск /auth/db/cli/sync_users.php или настроить запуск в планировщике moodle запуск \auth_ldap\task\sync_task (3.3 и выше). Если всё правильно настроено, moodle сам заберет все нужные данные из внешней системы.
Ну а для полноценной диагностики необходимо четкое описание архитектуры ваших систем, что где хранится, когда и как передаётся.