> この後は、ファイルを展開してserverフォルダにあるstart moodle.exeを実行しxamppなどを動かし、初期設定をhttp://localhost/server/moodle/で行うということでしょうか？
はい、そうです。
> moodleのダウンロードサイトが複数あるのもよくわからないです。
現在のところ、Windows用Moodleパッケージの公式ダウンロードサイトは下記のみだと思います。
[Moodle packages for Windows]
https://download.moodle.org/windows/
