В любых текстах Moodle Вы можете добавлять изображения, аудио и видео-материалы. Если в настройках включен медиафильтр, то достаточно проставить ссылку на загруженный в систему видео-файл или даже на страницу YouTube, и система заменит ссылку на встроенный плеер.
Формат зависит от того, с каких устройств работают ваши студенты. До недавнего времени лидерами были .flv и .mp3, которые проигрывались с помощью Flash-плеера. Сейчас многие переходят на mp4 с кодеком 254.
Курс в Moodle разбиавается по тематическим секциям (одна секция - одна тема, одно занятие, одна неделя - как Вам удобнее). Внутри секции прикрепляете несколько материалов. Классическая схема: лекция с вопросами на понимание (не пропускает слушателя дальше, если он неправильно ответил на вопрос на понимание по предыдущему слайду или фрагменту). Вместо них можете использовать SCORM-пакеты - для этого они вполне пригодны. Дальше полный текст лекции уже без вопросов (для удобства повторения), скрытый по условию "до прохождения лекции. Дальше форум для обсуждение, лучше с творческим заданием на отработку или заготовленным сценарием обсуждения и модератором - иначе в форуме будет тишина. Дальше тест. И в конце каждой темы - практическое задание в модуле "задание" или задание с перекрестной проверкой в модуле "Семинар".