Olá Rogério,
Estou usando o simplecertificate, consegui ver algumas coisa para diminuir pela pasta locallibe.php, até consegui modificar o tamanho do Qr code, porém não atendeu minha necessidade, precisava diminuir a quantidade de caracteres do código do QR code.
Mas tive uma ideia aqui e testei, criei uma variável para imprimir o timestart e id da tabela do banco, assim consegui ter um valor com os caracteres exigido e sempre vão ser diferente, assim sendo validos.
Agradeço seu apoio.