Ciao Luca,
Premetto che amministro una piattaforma moodle per un liceo.
Ho lo stesso problema tuo, io per ora ho nascosto la categoria 2016/2017 così studenti e docenti riconosco subito il corso dell'anno attuale. Poi nei prossimi giorni appena ho un'attimo di tempo mi armo di TANTA pazienza e faccio il backup dei singoli corsi da tenere offline eliminando l'anno 2016-2017.
Per il nuovo anno ho creato la categoria 2017-2018 con tutte le sottocategorie una per materia con le classi che intendono attivare i corsi online.
Per quanto riguarda invece gli account studenti, quelli tra il 1^ e il 4^ li lascio sempre, invece il 5^ sospendo semplicemente l'account.
Per la questione delle iscrizioni io andrei col cartaceo o altro sistema se ne hai usato un altro.
Spero di esserti stato di aiuto!