Das geht wahrscheinlich mit .gitignore auch irgendwie - ich weiß es nicht, ich lerne noch. Wwahrscheinlich ist es wie immer: es gibt nicht nur den einen richtigen Weg zum Ziel.
Ja, bequem ist das, direkt aus moodle heraus aktualisieren zu können, aber nicht sonderlich sicher. Die Dimension des Ärgers, den man sich einfangen kann, wenn schützenswerte Daten abhanden kommen, wird aktuell eher größer.