Hola, Miguel.
Además de lo que ya te han comentado los compañeros, puedes intentar otro sistema distinto. Hace poco yo lo he usado para crear una misma actividad en más de 100 espacios distintos de la misma plataforma (no son realmente cursos, sino espacios de "grupos de trabajo" que se pusieron en marcha en 2016), donde en todos había que crear un Foro para discutir temas de este año 2017.
Lo que hice fue crear manualmente el foro en uno de los espacios (en tu caso sería subir los archivos o carpetas), y a continuación hacer una "copia de seguridad" en la que solamente se incluye lo que después quieres replicar en el resto.
Después de ello, con rol de administración, puedes usar la opción "Administración del sitio > Cursos > Subir cursos". Si nunca has usado esa funcionalidad, aquí tienes información sobre ello: https://docs.moodle.org/all/es/Subir_cursos
Necesitaras haber creado un archivo .CSV con los datos de los 50 cursos que ya existen, porque así podrás elegir como "Modo subida = Sólo actualizar cursos existentes". Verás que en el segundo paso de esa "subida de cursos" hay un apartado que indica "Restaurar a partir de este archivo después de la carga" y ahí utilizas el archivo copia de seguridad que antes creaste (el que incluía solo las carpetas y archivos a replicar).
Te sugiero que antes de hacerlo sobre los cursos reales hagas unas pruebas con cursos ficticios y así ajustar pequeños detalles sin estropear nada. Pero como te he dicho antes, el sistema me funcionó perfectamente.
Un saludo.