Hola, Daniel.
Me parece que no lo has entendido bien. Marcar esa casilla no significa que el permiso de Profesor ahora permita entrar a toda la plataforma, sino que en "Roles globales" (Sistema) vas a poder asignar el permiso de Profesor a una persona, y solamente esa persona (no cualquier Profesor) podría entrar a todos los cursos con los permisos correspondientes.
Al marcar eso no estás modificando los permisos del rol Profesor, sino únicamente habilitando que ese rol Profesor se pueda asignar en un contexto global (Sistema). También es posible habilitarlo a nivel de Categoría de cursos, algo que en mi institución hemos usado muchas veces, cuando un grupo de cursos tienen los mismos profesores, por ejemplo.
Por favor, explica con más detalle esa prueba que dices que has hecho.
Saludos.