> 今後発生する送信メールは admin/cron.php の実行で送信されなければならないのですが、現在cronに溜まっているjobの内、送信メールだけを削除したいのです。

現在のところ、送信予定のメッセージがMoodleのデータベーステーブル内に事前に溜められることはありません。

課題モジュールでは「mod/assign/locallib.php」の1665行目あたりで下記のように1日以内の提出に限りメッセージを送信するよう設定されています。

    public static function cron() {
        global $DB;

        // Only ever send a max of one days worth of updates.
        $yesterday = time() - (24 * 3600);
        $timenow   = time();
        $lastcron = $DB->get_field('modules', 'lastcron', array('name' => 'assign'));

また、フォーラムモジュールでは「mod/forum/lib.php」の484行目あたりで下記のように2日以上古い投稿に関してはメッセージを送信しないよう設定されています。

    // Posts older than 2 days will not be mailed.  This is to avoid the problem where
    // cron has not been running for a long time, and then suddenly people are flooded
    // with mail from the past few weeks or months
    $timenow   = time();
    $endtime   = $timenow - $CFG->maxeditingtime;
    $starttime = $endtime - 48 * 3600;   // Two days earlier

恐らく、Moodle上で頻繁にメールが送信されます課題モジュールおよびフォーラムモジュールで上記のように送信範囲が制限されていますため、仮にadmin/cron.phpを実行されたとしても、大量のメールが個別のユーザに送信されるようなトラブルになることは極めて少ないかと思います。